工程保函是依据商务合同开出的，但又不依附于商务合同，是具有独立法律效力的法律文件。当受益人在保函项下合理索赔时，担保人就必须承担付款责任，而不论申请人是否同意付款，也不管合同履行的实际事实，即保函是独立的承诺并且基本上是单证化的交易业务。
预付款保函
预付款保函试用范围：
预付款保函在国际承包业务中使用时，是由承包人通过银行向业主提供。保证书规定，如申请人不履行他与受益人订立的合同义务，不降受益人预付、支付的退还或还款给受益人，则由银行向受益人退还该款项。
预付款保函的作用：
预付款保函既可以有效保障发包方合法权益，又可对承包方提高资本有机工程形成一种激励机制，促使承包方合理配置资金，立足长远，增强企业活力。防止承包方在收到业主的预付款后将款项挪作他用货币宣布破产等。
保函是银行、保险公司、担保公司或个人应申请人的请求，向第三方开立的一种书面信用担保凭证。在建筑工程领域，保函主要有投标保函、履约保函、预付款保函、付款保函。下面对保函业务相关知识及问题和建议进行探讨和分析。
一、办理工程保函存在的主要问题
1.在投标或签订合同时不被重视，也就是保函的可实施性不被重视。保函作为担保的一种，其主要功能是保障受益人在对方违约情况下的权益，承包方一旦违约，业主可以以开具的保函索赔，从承包方银行账户上把资金划走。
2.在投标或签订合同时没有考虑办理保函的成本和风险。目前业主要求提供的工程保函大部分是银行为担保人的银行保函，企业向银行提出申请办理银行保函需要交纳一定比例的保证金，这部分保证金只有在银行保函退还给银行以后才能使用，这无形当中影响了企业的现金流量，增加了支付风险，同时企业的机会成本增大；银行保函与银行商业信用相关联，一旦违约，将会损害到企业的银行信用，从而影响到其后续的融资、经营等经济活动，这样就会产生与损害建筑市场信用类似的后果。
3.在签订合同时没有规范保函的内容。工程双方应该在合同招投标阶段即约定好担保书的格式、内容等，特别是索赔程序和保函有效期约定。在招投标阶段即开始规范保函可以使投标人提前对保函能否响应进行自我评估，合同签订后，双方不得再对其做实质性的更改。坚决避免合同谈判时甚至合同签订后才讨论担保的事宜。
4.在签订合同时合同条款不对等。承包方在提供工程履约保函给业主时，业主也应该相应地提供给承包方付款保函，目前国内签订的工程合同大部分只约定了承包方需向业主提供履约保函，而没有约定业主需向承包方提供付款保函。
招标人为避免投标人在评标过程中改标、撤标，或中标后拒签合同而给自身造成损失，通常都要求投标人缴纳投标保证金，以制约对方行为。投标保函是现金保证金的一种良好的替代形式。
投标保函，是指在招投标中，招标人为保证投标人不得撤销投标文件、中标后不得无正当理由不与招标人订立合同等。要求投标人在递交投标文件时一并提交的由银行出具的书面担保。
概括讲，投标保函的主要目的就是为了为保证投标人权益。
投标人递交了投标保函，在投标中，就得按照规定履行招标文件里的义务：包括在标书规定的期限内，投标人投标后，不得中途撤标、不得修改原报价；投标人中标后，必须与招标人签订合同，并在规定的时间内提供银行的履约保函。
若是投标人未按照要求履行上述义务，则提供担保的银行在受益人提出索赔时，须按照保函规定履行赔偿义务。